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近幾年，益生菌食品產業出現細分化趨勢，針對減脂減重、情緒管理、口腔健康、呼吸道健康等特定目標的產品不斷上市，并受到消費者青睞。對此，中國保健協會保健咨詢服務工作委員會秘書長王鶴松表示，消費者一般有健康需求時才會食用益生菌食品，健康狀況改善后就會停止食用。其實，益生菌需要從食物中進行補充，而且適宜長期食用。

中國醫學科學院、北京協和醫學院副研究員吳崇明則強調：目前，益生菌食品存在品類界限模糊、缺少標準規范、品牌認知度低、同質化嚴重等問題。近年來，雖然有大量益生菌新產品上市，但很多產品所添加的菌種并非真正意義上的益生菌，大多為益生菌的增殖輔助物質，無法產生相應的效果。某些益生菌食品中還存在摻雜摻假現象，比如在菌粉中加入外表相似的粉末、菌液中加入死菌、活菌數目不達標等。

吳崇明建議，消費者選購益生菌食品時應關注菌種來源、菌株備案、活菌數目，并通過正規渠道購買。同時，我國益生菌食品企業應與科研單位、醫院相結合，從益生菌菌種的培養、功效挖掘和驗證等多方面入手，注重產品的安全性、穩定性、有效性和持久性，大力研發我國特有的益生菌食品。

吳崇明表示，益生菌的作用與劑量密切相關，攝入足夠劑量的益生菌才能達到相應的效果，但不同的菌株發揮健康作用時的劑量不同，活菌數也并非越多越好。益生菌功能的發揮存在人群特異性，雖然益生菌產品對大多數人群的健康確實存在益處，但仍不能確定其對所有人群的健康都有益處，且沒有任何副作用。

“益生菌食品必須保證活菌狀態和必要數量。”，在益生菌食品產業發展中，生產企業應充分利用熒光顯微、流式細胞、宏基因組分析、特異性PCR等技術，確定產品中的菌種組成以及對活菌進行..計數，從而提升產品評價、質量控制及市場監管水平。