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益生菌的3個核心特征是：1足夠數量，2活菌狀態，3有益健康功能。

2014年，由國際益生菌與益生元科學聯合會發布的關于益生菌的共識中突出強調了益生菌的這3個核心特征。益生菌的定義也得到歐洲食品與飼料菌種協會、加拿大衛生部、世界胃腸病學組織和歐洲食品安全局等相關組織和機構的認可。

2018年我國修訂的《益生菌類保健食品申報與審評規定(征求意見稿)》已采納這一概念。益生菌的功效發揮應以活菌為先決條件，雖然不排除滅菌型產品的健康功效源于死菌或及代謝產物，但仍有待進一步科學研究。